1940
В 1940 году компания BMW сконструировала систему 'commando' для двигателя самолета марки 801. Завися от положения уровня топлива, это новое изобретение контролировало все автоматические функции двигателя. Это был прототип сегодняшнего интеллектуального электронного устройства. Система «commando» забрала на себя большую нагрузку пилота – частичный автопилот и нереальное новшество от BMW, задолго до микрочипов и компьютеров.
W 1941 – 1960
В 1940 году, после марки BMW 132 и двигателей Bramo, последовала серия производства авиационных двигателей BMW 801. К концу войны, более 20,000 четырнадцати цилиндровых двойных радиальных двигателей были сконструированы в Мюнхене, Алачи, Берлине и Дюрерхофе.
1941
Производство гражданских мотоциклов было прекращено в 1941 году и появились военные мотоциклы и коляски BMW R 75 , с семью передними и двумя передачами заднего хода, коляска с устройством блокировки дифференциала и соединительный тормоз заднего колеса с гидравлическим приводом . В следующем году, производство было перенесено из Мюнхена в Айзенах.
1942
Чтобы удовлетворить запросы военного времени, в 1942 году, на заводах Basdorf и Zuhlsdorf в Берлине началось производство ракетных двигателей . Хотя только небольшое количество этих двигателей были использовано, ракетная конструкция – одна из причин, почему в 1945г. Bayerische Motoren Werke было закрыто и позже демонтировано.
1943
В 1943 BMW также работало над газотурбинным реактивным двигателем 003 и над самым большим дизельным авиационным поршневым двигателем . Двадцативосьмицилиндровый, четырехрядный радиальный двигатель, с двумя противоположно вращающими пропеллерами BMW 803 развивал мощность 4,000 лс. Тесты над двигателем 003 начались в октябре 1943 года и продолжились до 4 февраля 1944г. Первый полет был на разведывательном самолете Arado 234 V с четырьмя двигателями BMW 003.